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methoden der bioinfo

Altklausur BB14, Kategorien: Altklausur BB14

Nennen Sie ein Programm zum Erstellen von multiplen Sequenzalignments

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  • STAR-Alignment 
    - eine Sequenz als Zentrum
    - alle Sequenzen im Bezug auf dieses Zentrum alignieren
    - Alignments iterativ zusammenführen
  • Progressives Alignment (greedy)
    - z.B. Clustal, T-Coffee, Muscle
    - die Ähnlichsten Sequenzen alignieren
    - iterativ andere Sequenzen hinzufügen
  • Consistency-based MSA
    - schrittweises Ermitteln einer Consensus-Sequenz
  • COBALT
  • Struktur-basiertes MSA (mit Sekundärstrukturvorhersage)