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Altklausur 2012, Kategorien: Altklausur 2012

Beschreiben Sie den Chou-Fasman-Algorithmus

  • Weit verbreitete statistische Methode zur Proteinstrukturvorhersage
  • jeder AS wird eine Neigung, eine alpha-Helix oder ein beta-Faltblatt zu bilden zugewiesen (Bildner (H,h), Indifferente (I,i), Brecher (B,b))
  • beginnt in Bereich mit maximaler Tendenz eine Struktur auszubilden
  • setzt diese Struktur fort bis Bereich mit geringer Tendenz erreicht
 
 
Algorithmisch: 
  1. Initialisierung:  jeder AS wird (nach entsprechender Tabelle) eine 1 (Bildner), 0 (Indifferent) oder -1 (Brecher zugeordnet
  2. Start: finde Bereich aus 6 AS mit Score >= 4
  3. Erweiterung (ab hier wahre Werte aus Tabelle): Kerne nach rechts und links ausdehnen solange 4 AS >= 4

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